Sus características paisajísticas, el valor arqueológicos de la zona, la riqueza de flora y fauna (en especial la endémica) y las 230 lagunas con las que cuenta aproximadamente, han hecho del PNC Patrimonio Natural del Ecuador.

Actualmente esta siendo estudiada la posibilidad de elevarlo a la categoría de Patrimonio Natural de la Humanidad, por la UNESCO, además de ser considerada como un centro lacustre de gran importancia, la Convención Mundial de RAMSAR, lo ha categorizado como un área de protección de humedales. El parque está constituido, en su gran mayoría, por Bosque Pluvial Sub-Alpino (bp-SA) y por el Piso Alpino (p-A) conocido como páramo más comúnmente.

La mayoría del PNC está cubierto por este ecosistema muy valioso por sus características de endemismo principalmente. El suelo del páramo se encuebtra recubierto por una gran capa de paja además de una gran variedad de plantas en forma de almohadilla, que se constituyen en verdaderos reservorios de agua en el suelo. También se encuentran un sinnúmero de especies de pequeños arbustos.

El Sistema Nacional de Áreas Protegidas SNAP, es una entidad encargada del control y monitoreo de las actividades de conservación y preservación dentro de las zonas naturales categorizadas como zonas altas en biodiversidad o que contienen monumentos naturales dignos de ser preservados.

Dentro de este grupo, la zona de El Cajas se ubica dentro de la categoría de Parque Nacional, permitiendo dentro de su zona de acción, actividades de entretenimiento, investigación y conservación estricta.

Con mas de 230 lagunas en su interior, el Cajas no solo es un conjunto de ecosistemas valiosos para los ecuatorianos.

Por sus cualidades intrínsecas y características únicas, la convención RAMSAR para la protección de Humedales a nivel mundial lo ha colocado en su lista como sitio especial de conservación; así mismo, es considerada como un sitio de conservación AICA.

Para la protección de la avifauna nacional e internacional, sin olvidar que el PNC es un candidato firma a para ser proclamado Patrimonio Natural de la Humanidad, categoría que en el Ecuador la tienen zonas de valor incalculable como el Parque Nacional Sangay, el Parque Nacional y Reserva Marina de Galápagos.

El parque posee una planta turística de primer orden. La carretera Cuenca-Molleturo-Naranjal atraviesa el Parque, ofreciendo fácil acceso para vehículos a las zonas del parque.

Posee puntos de información, albergues en la laguna de Cucheros, un centro administrativo en Illincocha, un centro de interpretación y centro de visitantes en la Laguna Toreadora, parqueaderos, senderos, señalización, guardianía y miradores en varios puntos de la carretera.

Diariamente salen buses desde la ciudad de Cuenca, con destino a Guayaquil, que pasan por los accesos al PNC. El valor del pasaje va desde 1 USD a 1.50 USD, dependiendo del punto del parque que se desee visitar. Los buses salen cada hora desde la 7h00 hasta las 17h00.

En sus inicios, el Parque Nacional El Cajas fue concebido con la categoría de área Nacional de Recreación, en el año 1979, y para el año de 1996 se la asciende a la categoría de Parque Nacional, que permite establecer programas de control más rigurosos para la protección de este ecosistema único en el país.